Analiza struktury genomów bakterii z rodzaju Chlamydia

Abstract

Bakterie należące do rodziny Chlamydiaceae i rodzaju Chlamydia, są rozpowszechnione na całym świecie i występują zarówno u ludzi, jak również zwierząt hodowlanych oraz wolno żyjących. Zwłaszcza ptaki i gady są częstymi gospodarzami dla chlamydii, a ich powszechnie obserwowana zdolność do przełamywania bariery gatunkowej powoduje, że określone gatunki mogą występować u różnych gospodarzy. Niektóre Chlamydia spp. wykazują potencjał zoonotyczny, stanowiąc zagrożenie dla zdrowia publicznego. Zgodnie z aktualnie obowiązującą taksonomią, do rodzaju Chlamydia zalicza się 15 scharakteryzowanych gatunków: C. abortus, C. avium, C. crocodili, C. gallinacea, C. buteonis, C. caviae, C. felis, C. muridarum, C. pecorum, C. pneumoniae, C. poikilotherma, C. psittaci, C. serpentis, C. suis i C. trachomatis oraz cztery taksony o statusie Candidatus: Cand. C. corallus, Cand. C. ibidis, Cand. C. sanzinia, Cand. C. testudinis. Celem przeprowadzonych badań było poznanie struktury genomów wybranych przedstawicieli bakterii z rodzaju Chlamydia. W badania zostały włączone szczepy avian C. abortus uzyskane z materiału biologicznego pochodzącego od ptaków wolno żyjących, wymazy z kloaki pobrane od kur oraz szczep C. gallinacea wyizolowany od kury w Polsce.

Wykaz publikacji stanowiących rozprawę doktorską: Praca przeglądowa 1 Zaręba-Marchewka K., Szymańska-Czerwińska M., Niemczuk K. Chlamydiae – What's New? J Vet Res. 2020 Dec 10;64(4):461-467. Prace oryginalne 1. Zaręba-Marchewka K., Szymańska-Czerwińska M., Mitura A., Niemczuk K. Draft Genome Sequence of Avian Chlamydia abortus Genotype G1 Strain 15-70d24, Isolated from Eurasian Teal in Poland. Microbiol Resour Announc. 2019 Aug 15;8(33):e00658-19.

2. Zaręba-Marchewka K., Szymańska-Czerwińska M., Niemczuk K. Draft Genome Sequences of Avian Chlamydia abortus Genotype G2 Strain 15-49d3, Isolated from Mallard, and Genotype 1V Strain 15-58d44, Isolated from Magpie in Poland. Microbiol Resour Announc. 2021 Apr 8;10(14):e01203-20.

3. Zaręba-Marchewka K., Szymańska-Czerwińska M., Livingstone M., Longbottom D., Niemczuk K. Whole Genome Sequencing and Comparative Genome Analyses of Chlamydia abortus Strains of Avian Origin Suggests That Chlamydia abortus Species Should Be Expanded to Include Avian and Mammalian Subgroups. Pathogens. 2021 Oct 29;10(11):1405.

4. Zaręba-Marchewka K., Bomba A., Scharf S., Niemczuk K., Schnee C., Szymańska-Czerwińska M. Whole Genome Sequencing and Comparative Genomic Analysis of Chlamydia gallinacea Field Strains Isolated from Poultry in Poland. Pathogens. 2023 Jun 29;12(7):891.