Państwowy Instytut Weterynaryjny - Państwowy Instytut Badawczy

    • Zaloguj
    Zobacz pozycję 
    •   Strona główna Repozytorium
    • PIWet - PIB
    • Publikacje
    • Zobacz pozycję
    •   Strona główna Repozytorium
    • PIWet - PIB
    • Publikacje
    • Zobacz pozycję
    JavaScript is disabled for your browser. Some features of this site may not work without it.

    4D-Dynamic Representation of DNA/RNA Sequences: Studies on Genetic Diversity of Echinococcus multilocularis in Red Foxes in Poland

    Life

    Thumbnail
    Oglądaj/Open
    life-12-00877-v2.pdf (1.177MB)
    Data
    2022
    Autor
    Bielińska-Wąż, Dorota
    Wąż, Piotr
    Lass, Anna
    Karamon, Jacek
    Metadane
    Pokaż pełny rekord
    Streszczenie
    The 4D-Dynamic Representation of DNA/RNA Sequences, an alignment-free bioinformatics method recently developed by us, has been used to study the genetic diversity of Echinococcus multilocularis in red foxes in Poland. Sequences of three mitochondrial genes, i.e., NADH dehydrogenase subunit 2 (nad2), cytochrome b (cob), and cytochrome c oxidase subunit 1 (cox1), are analyzed. The sequences are represented by sets of material points in a 4D space, i.e., 4D-dynamic graphs. As a visualization of the sequences, projections of the graphs into 3D space are shown. The differences between 3D graphs corresponding to European, Asian, and American haplotypes are small. Numerical characteristics (sequence descriptors) applied in the studies can recognize the differences. The concept of creating descriptors of 4D-dynamic graphs has been borrowed from classical dynamics; these are coordinates of the centers or mass and moments of inertia of 4D-dynamic graphs. Based on these descriptors, classification maps are constructed. The concentrations of points in the maps indicate one Polish haplotype (EmPL9) of Asian origin.
    URI
    https://mdpi-res.com/d_attachment/life/life-12-00877/article_deploy/life-12-00877-v2.pdf?version=1655105973
    Zbiory
    • Publikacje [635]

    DSpace software copyright © 2002-2016  DuraSpace
    Kontakt z nami | Wyślij uwagi
    Theme by 
    Atmire NV
     

     

    Przeglądaj

    Całe RepozytoriumZbiory i kolekcjeDaty wydaniaAutorzyTytułyTematyTa kolekcjaDaty wydaniaAutorzyTytułyTematy

    Moje konto

    Zaloguj

    Statystyki

    Przejrzyj statystyki użycia

    DSpace software copyright © 2002-2016  DuraSpace
    Kontakt z nami | Wyślij uwagi
    Theme by 
    Atmire NV