https://dspace.piwet.pulawy.pl/xmlui/handle/123456789/5 2026-08-01T04:45:12Z https://dspace.piwet.pulawy.pl/xmlui/handle/123456789/968 Toxigenic Clostridia in foodborne disease: characterization, exposure, burden, control and detection Bolton, Declan; Cook, Roger; Glass, Kathleen; Grenda, Tomasz; Le Maréchal, Caroline; Monma, Chie; Riley, Thomas; Rupnik, Maja; Selby, Katja; Schill, Kristin; Webb, Martin; Xu, Xuefang Clostridia include several toxigenic bacterial species recognized as significant human pathogens, notablyClostridium botulinum, Clostridium perfringens, and Clostridioides difficile. Clostridia are commonly identified invarious food and many environmental niches. Unlike other common bacterial foodborne pathogens, suchas Salmonella, Campylobacter and Listeria, clostridia produce dormant structures known as spores that enablesurvival under harsh conditions. These spores persist for a long time, perhaps decades, in the farm andprocessing environments and from there, they may contaminate foods. Furthermore, spores are resistant tocommon food safety control measures such as cooking, pasteurization, and certain sanitizers.This document has been prepared to provide a comprehensive review of the global status of foodborneclostridia. The focus is specifically on C. botulinum and other botulinum neurotoxin (BoNT)-producingspecies, C. perfringens and C. difficile, with the aim of providing a detailed analysis of their prevalence,associated risks and implications for food safety and public health. This review encompasses an extensiveexamination of peer-reviewed scientific literature, epidemiological data, and recent reports. It also includesan assessment of the epidemiology of outbreaks, and current detection and control methods for pathogenicClostridia in food systems. The document is structured to provide a clear and detailed overview of the currentstate of knowledge, highlighting critical areas for future research and policy development to address thechallenges posed by foodborne Clostridia. 2026-01-01T00:00:00Z https://dspace.piwet.pulawy.pl/xmlui/handle/123456789/967 Zmienność genetyczna wirusa grypy ptaków u różnych gatunków drobiu Dziadek, Kamila Natalia Grypa ptaków (AI, ang. avian influenza) jest jedną z najważniejszych jednostek chorobowych drobiu i ptaków wolno żyjących, która widnieje na liście chorób Światowej Organizacji Zdrowia Zwierząt (WOAH, ang. World Organisation for Animal Health). Wybuchy ognisk AI pociągają za sobą ogromne straty materialne dla sektora drobiarskiego i powiązanych z nim gałęzi przemysłu, a ponadto stanowią narastające zagrożenie dla zdrowia publicznego. Czynnikiem etiologicznym AI jest wirus grypy ptaków (AIV) typu A –Alphainfluenzavirus z rodziny Orthomyxoviridae – charakteryzujący się wysoką zmiennością genetyczną. Jako wirus RNA o segmentowanym genomie, AIV nieustannie podlega dwóm podstawowym mechanizmom zmienności – dryfowi genetycznemu i reasortacji. Oba ww. mechanizmy warunkują stałą ewolucję wirusa, która może prowadzić do nabywania nowych cech adaptacyjnych, a nawet przełamywania barier międzygatunkowych. Wyróżnia się dwie formy AIV: nisko zjadliwą (LPAIV) oraz wysoce zjadliwą (HPAIV), a stosowana klasyfikacja opiera się na zdolności wirusa do wywoływania choroby w modelu in vivo – u kur. Przemiana LPAIV do formy HPAIV jest możliwa w wyniku spontanicznej mutacji w miejscu cięcia hemaglutyniny (HACS, ang. haemagglutinin cleavage site). Może do niej dojść np. w przypadku introdukcji LPAIV do drobiu na skutek kontaktu stada z naturalnymi gospodarzami i rezerwuarem AIV w środowisku – przedstawicielami rzędów blaszkodziobych i siewkowych. Śledzenie zmienności AIV w warunkach naturalnych oraz eksperymentalne badanie jej mechanizmów pozwala lepiej zrozumieć dynamikę epidemii, w tym proces przełamywania barier międzygatunkowych, stanowiąc element wczesnego ostrzegania przed pojawianiem się wariantów potencjalnie niebezpiecznych dla zwierząt i ludzi. Wyniki badań uzyskane w ramach rozprawy doktorskiej sugerują, że konieczne jest wzmocnienie monitoringu AIV w populacji wolno żyjącej, który będzie obejmować wykrywanie oraz analizę genomową nie tylko HPAIV, ale również LPAIV. W tym zakresie należy położyć szczególny nacisk na identyfikację i śledzenie markerów genetycznych o potencjale funkcjonalnym. Ponieważ mechanizmy adaptacji AIV pozostają w dużej mierze niepoznane, zasadne wydaje się również kontynuowanie badań nad ewolucją wirusów AI. Niemniej jednak, konieczne jest uwzględnienie czynników immunologicznych gospodarza. 2025-01-01T00:00:00Z https://dspace.piwet.pulawy.pl/xmlui/handle/123456789/966 Evolutionary dynamics of the multidrug-resistant Salmonella Infantis harbouring the pESI megaplasmid across Europe Alba, Patricia; Diaconu, Elena Lavinia; Carfora, Virginia; Battisti, Antonio; Franco, Alessia; Ceyssens, Pieter-Jan; Graells- Garcia, Cristina; Schau Slettemeås, Jannice; Zając, Magdalena; Skarżyńska, Magdalena; Wasyl, Dariusz; Clemente, Lurdes; Caniça, Manuela; Manageiro, Vera; Börjesson, Stefan; Franz, Eelco; Östlund, Emma; Söderlund, Robert; Garcia- Fernandez, Aurora; Villa, Laura Multidrug- resistant Salmonella enterica subsp. enterica serovar Infantis clone, harbouring the pESI megaplasmid, first described in Israel in 2014, is consistently reported in poultry and humans worldwide. This study aimed to investigate the genomic epi- demiology of S. Infantis collected by nine European Public Health Institutions from samples of different origins (human, food and animal sources) and understand the evolutionary dynamics of pESI-like in Europe. The resolved pESI-like sequences have also been compared with complete publicly available pESI-like sequences from other countries, in a One Health context. The circulation of a S. Infantis clone in Europe carrying the mosaic megaplasmid pESI-like has been associated with resistance to sulphonamides (sul), tetracycline (tet), streptomycin and spectinomycin (aadA1). In recent years, blaCTX- M- 1- positive pESI- like plasmids have been increasingly detected in the extended-spectrum beta-lactamase- producing S. Infantis clone. Using a com- bined short- and long-read sequencing approach, two main types of pESI variants have been identified, differing in the acces- sory gene content, including the blaCTX- M variant, indicating a certain stability of pESI variants detected in different geographical regions and sources over time (2011–2021). Moreover, the differences were related to the acquisition of resistance, virulence or fitness- enhancing genes that would potentially benefit the Salmonella host. 2026-01-01T00:00:00Z https://dspace.piwet.pulawy.pl/xmlui/handle/123456789/965 Abequose-containing O-antigen polysaccharide from Aeromonas sobria K221 (serogroup PGO1): structure, O-antigen gene cluster correlation, and Abe-transferase prediction Turska-Szewczuk, Anna; Dworaczek, Katarzyna; Bomba, Arkadiusz; Kubaczyńska, Maria; Drzewiecka, Dominika; Iwan, Ewelina; Kamińska, Ewelina; Pękala-Safińska, Agnieszka Aeromonas species are important opportunistic pathogens in freshwater aquaculture, including Polish fish farms, where outbreak-associated isolates have been assigned to local provisional serogroups. Among these, PGO1 is frequently detected, but the structural and genetic diversity of the corresponding O-specific polysaccharides remains poorly understood. Here, we characterized Aeromonas sobria strain K221, a PGO1 isolate recovered from common carp during an outbreak of motile Aeromonas infection/septicaemia. The O-specific polysaccharide (OPS), isolated from LPS, was analysed by chemical methods and 1H/13C NMR spectroscopy, and its O-repeating unit was identified as a linear pentasaccharide containing β-GlcpNAc, 2-O-acetylated α-Rhap, and α-Abep resi- dues. Bioinformatic analysis of the O-antigen gene cluster (OGC) revealed gene content consistent with the OPS structure and supported functional assignment of the biosynthesis locus, including a putative α-1,3-CDP-abe- quosyltransferase. Both the OPS and its OGC differed from those of other recently characterized PGO1 strains, indicating that K221 represents a distinct variant within this serogroup. The occurrence of 2-substituted abe- quose, not previously reported in Aeromonas O-polysaccharides or as a 2-substituted residue in bacterial O- polysaccharides, highlights an unusual structure–biosynthesis relationship. These findings reveal greater struc- tural and genetic diversity within the Aeromonas PGO1 serogroup than previously recognized and expand current knowledge of bacterial O-specific carbohydrate polymers. 2026-01-01T00:00:00Z